По названию папок и файлов можно примерно понять, что и для чего, большинство файлов текстовые, при необходимости можете разобраться или спросить здесь конкретно про какой-то файл.
Резервная копия настроек и восстановление нужны в двух случаях: восстановление после сбоя или перенос на другой компьютер. Первое случается крайне редко, второе - тут как раз имеет смысл восстанавливать все в полной мере. Исходя из задач, резервное копирование в текущем виде делает все, что нужно.