Какую реакцию вы ожидаете от программы, просто вставив провод в линейный вход?
В программе нужно выбрать этот вход в настройках "Микрофон/лин. вход". Если используется Windows 7 - то просто выбираете устройство Line Input (может называться по другому, но смысл такой). Если ХР, то выбираете зв. карту и соответствующий источник.
Чтобы запустить линейный вход, в меню нажмите Плейлист->Добавить Line.In.