1. Писать тег id2v2.4 это не ошибка.
2. При редактировании даже по одному треку версия тега будет изменена (если вы внесли изменения в сам тег).
3. База работает по стандартам. Теги пишутся корректно и читаются (и редактируются) другими программами.
Проблема здесь именно в проводнике, который не может читать общепринятый стандарт тега. Странно, что у вас нет претензий к Windows (который не читает тег потому что не полностью поддерживает стандарт), но есть претензии к RadioBOSS, который стандарт как раз поддерживает. И исправление, если его будем делать мы - получается, мы исправляем чужую ошибку.
Вообще, все, что касается тегов, требует очень тщательного тестирования - пользователей много, треков вообще несчетное количество, любое изменение в этой системе может у кого-то что-то поломать
Так как просмотр тегов через проводник задача весьма редкая, решение этой проблемы не является приоритетным. Тем более, что проводник в этом случае читает id3v1, т.е. показывает хоть что-то.
Добавление
Думаю, сделаем так, что версия тега id3v2 не будет меняться, изменение будет в версии RadioBOSS 5.6.